Điều trị suy tủy xương do miễn dịch cần ức chế hệ thống miễn dịch qau sử dụng thuốc hàng ngày hoặc ở trường hợp nghiêm trọng hơn có thể cấy ghép tủy xương.[9] Tủy xương từ người hiến phù hợp thay thế cho tủy xương mất chức năng. Các tế bào gốc vạn năng được đưa vào tủy xương tái tạo lại tất cả ba dòng tế bào máu cho các bệnh nhân một hệ thống miễn dịch, hồng cầu và tiểu cầu. hoàn toàn mới. Tuy nhiên, bên cạnh nguy cơ thải ghép, còn có nguy cơ tạo ra các tế bào bạch cầu có thể tấn công các phần còn lại của cơ thể ("bệnh ghép chống chủ"). Trong bệnh nhân trẻ có HLA phù hợp với người hiến là anh chị em ruột, ghép tủy có thể được coi như điều trị bước một, điều trị bệnh nhân không có người ghép là anh chị em ruột phù hợp thường ức chế miễn dịch là điều trị bước 1 và cấy ghép tủy từ người hiến không có quan hệ huyết thống được coi là phương pháp điều trị bước 2.

Điều trị suy tủy xương thường gồm một liệu trình antithymocyte (ATG) và vài tháng dùng cyclosporine để điều chỉnh hệ thống miễn dịch. Hóa trị liệu với cũng có thể có hiệu quả, nhưng có nhiều độc tính hơn ATG. Liệu pháp kháng thể như ATG, tế bào T đích được cho là có khả năng tấn công tủy xương. Corticosteroid không có hiệu quả,[cần dẫn nguồn] mặc dù chúng được sử dụng để cải thiện bệnh huyết thanh gây ra bởi ATG. Đánh giá điều trị thành công bằng sinh thiết tủy xương sau 6 tháng bắt đầu điều trị với ATG.[10]